« Imagerie du chromosome à l’organisme entier »

Du mercredi 23 au Vendredi 25 Novembre 2022

Lieu : Pôle Numérique - Université de RENNES 1

Programme des journées

Mercredi 23 Novembre :
  • 12h00 - 13h00 Accueil des participants : distribution des badges, documents, mise en place des posters                             Panier-repas

Introduction des journées

  • 13h15 - 13h30 : Ouverture des JST (Membre du COPIL)
  • 13h30 - 13h45 : Biogenouest - présentation Axe Bio-Imagerie (Laurence DUBREIL-INRAE ONIRIS NANTES)
  • 13h45 - 14h00 : Présentation de France Bioimaging : Noeud Bretagne-Loire (Marc TRAMIER - CNRS RENNES)
SESSION 1. CARACTERISATION DU MICROENVIRONNEMENT TISSULAIRE GRACE A LA TECHNOLOGIE D'IMAGERIE MULTIPLEXEE.
  • 14h00 - 14h20 : Microscopie multimodale sans marquage pour l'étude d'échantillons biologiques pour le préclinique. (Anthony SEBILLOT - Biogenouest SFR Biosit RENNES)
  • 14h20 - 14h40 : Automatisation de la microscopie de fluorescence pour le suivi et l'analyse de la progression des cellules dans le cycle cellulaire. (Julia GELABART - CNRS UMR IGDR RENNES)
  • 14h40 - 15h00 : Le CellDIVE, une méthode d'imagerie hyperplexe pour une cartographie spatiale des biomarqueurs. (Alain FAUTREL PF H2P2 RENNES)

15h00- 15h30 Pause-café

SESSION 2. IMAGERIE 3D D'ECHANTILLONS EPAIS APRES TRANSPARISATION.
  • 15h30 - 15h50 : La transparisation des échantillons épais : pourquoi, comment ? (Manon THOMAS - INRAE UR LPGP RENNES)
  • 15h50 - 16h10 : Utilisation de l'imagerie 3D pour étudier le développement ovarien chez le Médaka (Violette THERMES - INRAE LPGP RENNES)
  • 16h10 - 16h30 : Caractérisation des tissus adipeux chez la truite arc-en-ciel par imagerie 3D (Isabelle HUE - INRAE LPGP RENNES)

16h40 - 17h15 : Paroles aux industriels (FRANCE SCIENTIFIQUE, THERMOFISHER SCIENTIFIC, NIKON, LFG, HAMAMATSU, JEULIN, DIAGOMICS)

17h15 - 18h30 : Séance posters - Stands fournisseurs

Cocktail dinatoire - Soirée libre

Jeudi 24 Novembre :
SESSION 3. APPORT DE L'INTELLIGENCE ARTIFICIELLE POUR L'ANALYSE QUANTITATIVE DES IMAGES.
  • 8h30 - 8h50 : Evolution des méthides d'analyses d'image en microscopie avec l'arrivée de Deep-Learning (Thierry PECOT - UR1 BIOSIT RENNES)
  • 8h50 - 9h10 : L'Intelligence Artificielle pour segmenter facilement les images biologiques (Jérôme BUGEON - INRAE LPGP RENNES)
  • 9h10 - 9h30 : Mise en application d'algorithmes open-source de Deep-Learning pour l'analyse d'images 3D d'ovaires de Médaka (Manon LESAGE - INRAE LPGP RENNES)
SESSION 4. L'IMAGERIE AVEC OU SANS MODULE APOTOME APPLIQUEE A LA RECHERCHE SUR LES ANIMAUX DE RENTE.
  • 9h35 - 9h45 : Présentation générale de la technologie d'imagerie avec ou sans module ApoTome (Sandra WIART-LETORT - INRAE UMR PEGASE St-GILLES)
  • 9h45 - 10h05 : Caractérisation d'organoïdes intestinaux porcins par étude morphologique et par typage cellulaire sur coupes (Gwénaëlle RANDUINEAU - INRAE UMR NUMECAN St GILLES)

10h05 - 10h25 Pause-café

  • 10h25 - 10h45 : Appréhender le fonctionnement de la glande mammaire (en développement, lactation ou tarissement) chez le bovin par le typage des cellules mammaires en microscopie (Laurence FINOT - INRAE UMR PEGASE St GILLES)
  • 10h45 - 11h05 : Immunohistologie sur tissu mammaire de chèvres laitières soumises à des régimes alimentaires supplémentés avec un acide aminé (Sandra WIART-LETORT - INRAE UMR PEGASE St GILLES)

11h10 - 11h50 : Assemblée Générale du Réseau (coordinateurs du Réseau)

11h50 - 12h30 : Séance posters - Stands expositions fournisseurs

12h30 - 13h30 BUFFET

13h45 : Départ des bus pour les ateliers (inscriptions obligatoires)

 Atelier 1 : Site INRAE RENNES - Présentation du plateau d’histologie et d’imagerie 2D/3D.

 L’atelier se déroulera sous la forme d’exposés sur la transparisation, l’acquisition d’image au microscope confocal et light-sheet, ainsi qu’une visite des équipements accompagnée de démonstrations (transparisation, microscopie confocale, analyse d’images).

Atelier 2 : Site INRAE LE RHEU - Présentation de la plateforme de Cytogénétique Moléculaire Végétale

L’atelier se déroulera sous la forme d’une présentation des différentes prestations FISH chez les plantes proposées sur la plateforme et d’une partie pratique illustrant « les chromosomes dans tous leurs états » avec préparation de lames de chromosomes en mitose et méiose. Visite des équipements.

Atelier 3 : Site INRAE St GILLES - Présentation de l’atelier Histologie

L’atelier se déroulera sous la forme d’animations autour du cycle de vie d’un échantillon inclus en paraffine ou inclus en OCT congélation, de la coupe en passant par la coloration avec l’automate Gemini AS jusqu’à l’obtention de l’image avec le microscope Zeiss équipé du module ApoTome. Visite et démonstration.

16h30 Départ en bus pour le centre ville de Rennes

Visite guidée du PARLEMENT DE BRETAGNE (1H30) inscription obligatoire
parlement de Bretagne
Parlement de Bretagne © office du tourisme Rennes

Groupe 1 : 17h45 - 19h15 // Groupe 2 & 3 : 18h - 19h30

Dîner de Gala au restaurant La Chope à 20h, 3 rue de la Chalotais à Rennes
Restaurant la Chope
Restaurant la Chope © https://lachope.fr/
Vendredi 25 Novembre

8h30 - 8h45 : Restitution des ateliers

SESSION 5. L'IMAGERIE MULTI-ECHELLE APPLIQUEE AUX PRODUITS AGRICOLES ET ALIMENTAIRES ET LA CONSTRUCTION DE LEUR STRUCTURE

  • 8h45 -9h05 : Multi-scale characterization of food matrices using a combined MRI and confocal and multiphoton microscopy approach; focus on bread and vegetable tissues (Nanci CASTANHA - INRAE UMR OPAALE RENNES)
  • 9h05 - 9h25 :  Multi-scale characterization of food matrices using a combined MRI and confocal and multiphoton microscopy approach; focus on bread and vegetable tissue (Héliciane CLEMENT - INRAE UMR OPAALE RENNES)
  • 9h25 - 9h45 : Apport de la microscopie confocale pour les caractérisations de matrices (Marie-Hélène FAMELART - INRAE UMR STLO RENNES)

9h45 - 10h05 Pause-café

  • 10h05 - 10h25 : Digestion des aliments chez l'homme : Comment la microscopie aide à comprendre l'évolution des structures dans le tube digestif  (Steven LE FEUNTEUN - INRAE UMR STLO RENNES)
  • 10h25 - 10h45 : Apport de la microscopie confocale pour la microbiologie (Eric GUEDON - INRAE UMR STLO RENNES)(TEM, SEM, AFM, confocal et épifluorescnce + Cryo-EM)
SESSION 6. L'IMAGERIE MULTI-ECHELLE CHEZ LES PLANTES
  • 10h45 - 11h20 : De l'intérêt des approches de microscopie confocale à l'étude du polyphénisme de reproduction chez le puceron (Stépahnie LE BRAS - INRAE UMR IGEPP LE RHEU)
  • 11h20 - 11h40 : Etude par microscopie confocale du cycle infectieux d'Aphanomyces euteiches dans des racines de lignées quasi-isogéniques de pois protéagineux (Pisum sativum) (Théo LEPREVOST - INRAE UMR IGEPP LE RHEU)

11h40 - 12h15 Remise prix poster - Remise prix Topo

récupération des questionnaires d'évaluation, des badges

CLÔTURE DES JOURNÉES                                                                                                                                                                       Panier-repas

Programme Provisoire